JCAは学識経験者、各都道府県サイクリング協会から推薦された者、野外活動・スポーツ関係団体、野外活動団体から推薦された人々で構成する 理事会 と、 学識経験者、各都道府県サイクリング協会から推薦された人々で構成する 評議員会 を設置し運営されています。

なお、JCAの運営は、財団設立時の基本財産と公益財団法人JKAの助成による運用財産の果実及び会費等の賛助金が基盤となっています。 また、事業は公益財団法人JKAの体育その他の公益の増進を目的とする事業及び自転車産業の振興に寄与することを目的とする事業に関する 補助金の交付を受けて実施しています。